La Iglesia de Scientology está formada por una estructura eclesiástica que une y coordina una multitud de diversas actividades religiosas, que incluyen no sólo la entrega y la práctica de los servicios religiosos de Scientology, sino el proselitismo, la dirección eclesiástica, la transmisión de comunicación, la producción de los materiales de diseminación y muchas otras funciones. Así la comunidad religiosa de Scientology está unida tanto por creencias y prácticas comunes como por una forma organizacional excepcionalmente adecuada a su misión religiosa.
En los niveles más bajos de esta jerarquía están los ministros religiosos del campo, los grupos religiosos de Scientology y las misiones de la Iglesia, involucradas en la entrega de auditación y entrenamiento iniciales. En los niveles más altos están las organizaciones más grandes de la Iglesia que entregan los niveles avanzados de servicios religiosos de auditación y entrenamiento.
Abarcando a todas las iglesias hay un sistema de dirección eclesiástica internacional. Desde la Iglesia de Scientology Internacional a través de una serie de Oficinas de Enlace Continental responsables de sus zonas geográficas, esta estructura de dirección apoya, coordina y trabaja para asegurarse de que la tecnología espiritual y las tecnologías de Dianética y Scientology están disponibles a cualquiera que desee recibirlas y que los servicios de Scientology son aplicados de la forma precisa como L. Ronald Hubbard los estableció.
Debido a que las escrituras de Scientology requieren que sus prácticas religiosas sean entregadas de una forma ortodoxa, la estructura jerárquica ayuda a asegurar que las iglesias individuales reciban el apoyo eclesiástico y la guía que se necesita para hacer esto. Todos los scientologists se aseguran así de una práctica religiosa ortodoxa en cada Iglesia por todo el mundo.
Cada Iglesia de Scientology en particular está constituida de forma independiente y está gobernada por su propia junta directiva. Los oficiales y dirigentes también constituyen la dirección eclesiástica de la iglesia y son completamente responsables de proporcionar servicios a sus feligreses y a sus comunidades.